Debido a que el volumen de agua que se recibe por precipitación es diferente año con año, la disponibilidad de líquido también muestra variaciones temporales y espaciales importantes que son tomadas en cuenta en los programas de planeación hidráulica. Una aproximación de la variación en la disponibilidad de agua que ha tenido México de 1990 a la fecha, si se considera que la evapotranspiración es del orden de 1 100 km3 y no cambia significativamente entre años, muestra que en 1990 y 1993 se tuvo cerca de 40% más de agua disponible, mientras que en 1994, 1996 y 1997 el volumen de agua disponible se redujo alrededor de 30%.

Del total de agua disponible, aproximadamente el 84% (397 km3 en promedio) escurre superficialmente y el resto (75 km3) se incorpora a los acuíferos. El escurrimiento superficial también muestra variaciones importantes en el país. En la región de la frontera sur escurre cerca del 35% del total nacional, encauzado básicamente en los ríos Grijalva y Usumacinta, mientras que en las penínsulas de Baja California y Yucatán el escurrimiento superficial es mínimo y no llega al 1%, aunque por diferentes causas: en Baja California por su escasa precipitación y en la Península de Yucatán por su poco relieve y sustrato permeable que no facilitan la formación de escurrimientos superficiales de importancia –no obstante, en la planicie yucateca sí se favorece la recarga de agua subterránea- (Tabla 4.4, Cuadro III.2.1.5).

La mayor parte de los escurrimientos superficiales se canalizan por los grandes ríos de México. El Grijalva, Usumacinta, Papaloapan, Pánuco y Lerma-Santiago captan, en conjunto, casi el 54% del escurrimiento superficial (Cenapred, 2001; véase Cuadro_III.2.1.6). Debido al régimen climático del país, en casi todos los ríos existe una diferencia notable en el volumen de agua que acarrean en las épocas de lluvias y de secas. Esta variación está acentuada por las obras de retención de agua e irrigación, de tal manera que muchos de los ríos que antes eran permanentes ahora se vuelven intermitentes, por lo menos en algunas partes de su recorrido (Conabio, 1998), lo que trae consigo afectaciones a los ecosistemas acuáticos y costeros.

La capacidad de almacenamiento proporcionada por la infraestructura hidráulica del país es de 150 km3. De las 4 500 presas existentes, 840 están clasificadas como grandes presas de acuerdo con los criterios de la Comisión Internacional de Grandes Presas. La capacidad de almacenamiento conjunto equivaldría al 37% del escurrimiento promedio anual del país; sin embargo, en realidad cerca del 80% del agua se descarga al mar sin ningún aprovechamiento. Si bien las grandes presas podrían aportar agua en las temporadas desfavorables del año, su principal función está centrada en la generación de energía eléctrica y el control de avenidas (por ejemplo, La Angostura, El Malpaso e Infiernillo); en menor medida, y sobre todo en el norte del país, las presas se utilizan para proveer de agua a las actividades agrícolas (Cuadro_III.2.1.8). De hecho, sólo el 18% del volumen de almacenamiento del país se tiene en zonas ubicadas por arriba de la cota de los 500 msnm siendo que en éstas habita más del 75% de la población y se encuentran las mayores superficies de riego del país. El volumen de agua almacenado en lagos y lagunas es pequeño (poco más de 6 500 hm3), ya que México no cuenta con lagos extensos y profundos (Cuadro III.2.1.7).