Decir territorio es referirse a un elemento sumamente complejo, ya que no sólo se distribuyen a lo largo de su extensión diferentes suelos, cuerpos de agua, climas y seres vivos, sino también se desarrollan actividades del hombre y se manifiestan sus impactos. De esta manera, a cada localidad dentro del territorio pueden atribuirse características dentro de los subsistemas físico, biótico (natural), social y económico (productivo), mismos que interactúan y se determinan recíprocamente. Por si fuera poco, las diferentes zonas se interconectan definiendo un funcionamiento global a través de los flujos ecosistémicos de materia y energía o bien, de las diferentes actividades que el hombre desarrolla en ellas de forma integrada.

Uno de los elementos destacados del territorio es el uso del suelo, el cual –como se señaló en el capítulo 2– puede ser, entre otros, urbano, agrícola, pecuario o forestal en caso de que se preserve la vegetación original del sitio. El uso del suelo está determinado en mayor o menor medida por todos los subsistemas, pero a menudo el biótico puede permanecer subordinado a las consideraciones económicas, sociales o históricas. Bajo estas condiciones, el resultado puede ser el deterioro ecológico. Por ejemplo, una alta presión demográfica puede empujar a la agricultura hacia las pendientes pronunciadas de las montañas, lo que frecuentemente conduce a la ocurrencia de grandes extensiones de suelos desnudos que fácilmente se erosionan (véase capítulo 3), por lo que desde un punto de vista ambiental sería recomendable preservar el uso forestal del suelo, uso que por lo mismo es conocido como la “vocación” del suelo. El caso opuesto, la subordinación de lo social a lo biológico puede resultar igualmente conflictiva, como sucede cuando se desplazan grandes asentamientos humanos para establecer una reserva ecológica.

Para conciliar las prioridades de los diferentes subsistemas se emplea el ordenamiento ecológico del territorio, el cual se define jurídicamente como «el instrumento de política ambiental cuyo objeto es regular o inducir el uso del suelo y las actividades productivas, con el fin de lograr la protección del medio ambiente y la preservación y aprovechamiento sustentable de los recursos naturales, a partir del análisis de las tendencias de deterioro y las potencialidades de aprovechamiento de los mismos» (Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, Título Primero, Artículo 3, Fracción XXIII).

Lograr lo anterior requiere de información sobre los diferentes subsistemas. Por ejemplo, en lo biológico es preciso contar con información tal como la distribución y el grado de conservación de los recursos, la presencia de especies endémicas o amenazadas cuya conservación sea prioritaria, la fragilidad de los ecosistemas a las actividades humanas, los servicios ambientales que brinda el ecosistema como la estabilización de laderas, control de erosión, captación de agua o la conservación de cuencas hidrológicas. En lo social son importantes aspectos tales como las características de los sistemas productivos, así como los deseos, metas o expectativas de la población local. Éstos y otros datos se integran en un marco geográfico, a partir del cual se efectúa una regionalización que refleja la situación actual y sus tendencias. Finalmente, se elabora un diagnóstico y un plan que permita alcanzar los objetivos particulares del ordenamiento (Recuadro_IV.4.1.2). El producto final permite orientar el emplazamiento geográfico de las actividades productivas, así como las modalidades de uso de los recursos y servicios ambientales.

El ordenamiento ecológico del territorio es un instrumento normativo básico o "de primer piso", sobre el cual se cimientan muchas otras acciones orientadas a la conservación, tales como el establecimiento de reservas, de zonas destinadas a la restauración ambiental y de ciclos de aprovechamiento y descanso del suelo y de sus recursos. De ahí la gran importancia de contar con ordenamientos correctos y efectivos.

En México se considera el ordenamiento ecológico en cuatro modalidades. El ordenamiento ecológico general, de carácter indicativo, se refiere al conjunto del territorio, seguido del ordenamiento regional, aplicable a dos o más municipios, a todo un estado o parte de dos o más estados. A escala municipal se habla de ordenamiento local. Finalmente, existe la figura del ordenamiento marino, que incluye las aguas oceánicas y la franja adyacente a éstas, conocida como zona federal marítimo-terrestre. Los diferentes tipos de ordenamiento son competencia de autoridades distintas y sus objetivos difieren como resultado del cambio de escala.